植物鳥嘌呤四聯體(G-Q)的大數據分析及數據庫構建取得新進展
發布時間: 2019-01-16 | 瀏覽次數: 296 | 文章作者: | 發布人: 植保學院

山東農業大學在植物鳥嘌呤四聯體(G-Q)的大數據分析及數據庫構建上取得了新進展亚博娱乐app应用下载,相關研究成果以Plant-GQ: an integrative database of G-quadruplex in plant 為題,發表在SCI收錄的《Journal of Computational Biology》上(五年影響因子3.118)。

G-Q是植物中常見的高級DNARNA二級結構亚博娱乐app应用下载,參與轉錄、翻譯和端粒維持等重要生物過程,隨著植物測序物種的增多亚博娱乐app应用下载,植物中進行G-Q的大規模掃描和分析也逐漸提上日程。本研究從公共數據平臺上獲得了195個植物的基因組及注釋文件亚博娱乐app应用下载,利用perl程序對G-Q結構的進行了分析和預測。共得到626,341,645個預測的G-Q亚博娱乐app应用下载,進而構建了一個有關植物G-Q的綜合數據平臺(http://biodb.sdau.edu.cn/plantgq/index.php)。該平臺提供了植物的所有G-Q信息,可以在線查找、展示、分析。該平臺還提供了一個在線預測工具,可對任意的gene, CDSFASTA文件中的G-Q信息進行在線預測及分析與展示。該數據庫將在植物G-Q的結構、功能的研究中發揮重要作用。

本論文的第一作者為山東農業大學17級植物保護專業碩士研究生蓋芳芳亚博娱乐app应用下载,植保學院的楊龍副教授為通迅作者,該項目受到山東省現代農業產業體系資助。


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